口腔微生物和肠道微生物群落结构和功能
（一）口腔微生物群落
口腔微生物大多是以生物膜的形式组成复杂的群落，从而行使微生物的生理学功能。当宿主口腔微生物群落处于平衡状态时，可发挥生理性屏障作用，阻止外源性致病菌的入侵；当宿主口腔微生物群落生态失衡时，可诱发多种口腔慢性感染性疾病，包括龋病、牙髓病、根尖周病、牙周病、智齿冠周炎、颌骨骨髓炎等。更为重要的是，口腔微生物可作为病灶，并与全身系统性疾病的关系密切相关。近期研究发现，口腔微生物与糖尿病、口腔癌及类风湿性关节炎等疾病有着密切的联系，可作为上述疾病的潜在生物学标记物。利用各种高通量分析技术［illumina测序、454焦磷酸测序和微生物功能基因组芯片(Geochip)］，对口腔微生物群落在宏基因组学层面进行了初步探索，发现口腔典型微生态环境内的细菌分布模式存在着显著差异。厚壁菌门是唾液及颊黏膜的优势菌群，而厚壁菌门、变形菌门、梭形杆菌门及拟杆菌门为龈上菌斑优势菌群；口腔菌群组成随着人年龄及牙列状态的改变呈现出波动状态，在颊黏膜菌群中的螺旋体丰度随着年龄的增长而呈现出递增趋势。
（二）肠道微生物群落
胃幽门至肛门的这段是人体消化道中最长、功能最重要的一段。肠道微生物组成了人体最大的微生态系统，定植菌超过35 000种。肠道细菌主要由拟杆菌属和厚壁菌门组成，其次是放线菌属和疣微菌属。在生理状态下，肠道共生菌参与食物消化和药物代谢，调控宿主免疫，并阻止病原体侵入组织及器官。生态平衡被打破，致病菌将会占据主导地位，细菌毒素及代谢物质等有害因素会侵袭肠上皮细胞，可以引起炎性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)、结肠癌、肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)、糖尿病和肥胖等代谢性疾病。肠道微生物群落的组成及基因种类存在着时空差异。小肠、大肠及直肠作为肠道的三个部分，其微生物群落的组成及结构具有较大的差异，和每部分的生理功能关系密切。不同个体中的肠道微生物组成存在较大差异，而单一个体则相对稳定。抗生素使用、饮食或宿主生理状态均可导致肠道微生物的一过性变化。肠道微生物群落的建立和唾液微生物群落相似，成人每天平均产生唾液大于1 000 ml，几乎全部进入了胃肠道，所以唾液细菌有很大的机会进入并且定植于肠道，因此唾液微生物群落可以在一定程度上影响肠道微生物群落的结构发展。
